ساختار سازمانی شرکت دانیال پترو متشکل از 5 معاونت و چهار مدیریت است که مستقیماً زیر نظر مدیرعامل می باشند و دو مدیریت نیز زیرمجموعه معاونت مالی و منابع انسانی می باشد. خلاصه چارت سازمانی در صفحه بعد ارائه می شود. چارت سازمانی تفصیلی نیز در ادامه آن آورده شده است. ساختار سازمانی شرکت دانیال پترو سه بعدی است و روابط بین دپارتمان ها بصورت ماتریسی است. ساختارسازمانی ماتریسی سه بعدی، سازگار با مدل فرآیندی، فرهنگ سازمانی مورد انتظار و ماهیت فعالیت ها و ماموریت شرکت دانیال پترو به عنوان یک شرکت پروژه محور است و این ساختار بهینه ترین و عملی ترین ساختار برای آن می باشد